En date du 19 juillet 2012 le Ministère de l'Enseignement Supérieur et la Recherche a publié l'arrêté qui confère le grade de Master aux dipômes MCTA (Management et Contrôle du Trafic Aérien) et ISESA (Ingénierie des Systèmes Electroniques de la Sécurité aérienne).
L'ENAC peut se prévaloir d'être la première académie de l'aviation civile en Europe à délivrer un diplôme pour les formations professionnelles des filières d'exploitation et techniques, reconnu au niveau européen selon le processus de Bologne.